一是冷库的选址。医药冷库要求“不断链”决定了“车与库的无缝对接”设计方式，要求必须配置专用的停车位并与冷库合理连接。最简单的实现方式是冷库设置在一楼，可与装卸区停车位直接对接，从而简化布局与操作。但实际上由于地形、建筑尺寸、业务需求等方面因素的干扰，往往会出现一楼空间不足的情况发生，因此冷库必须设置在其他楼层，而装卸区的停车位与冷库间就形成了上下楼的运输与温度控制问题。这就必须依靠专用的冷库电梯进行连接，而楼层越高，电梯井的长度就越长，对作业效率、温度控制、能耗的制约作用就越大。单从保温性角度考虑，地下室的效果最好，后期运营的能耗最低，但地下室的基建成本较高，货物上下的效率会受电梯的影响较大。医药冷库地址的选择需要综合项目的实际情况进行考量而做出选择。
二是冷库大小、数量、制冷量的确定。合理配置的冷库需保证业务的正常运营，在业务量出现波动时，应通过几个冷库的灵活调度来满足业务需求，同时降低运营费用，尽量避免出现前期投资过大、中期能耗过大、后期扩展区不足，以及大马拉小车等情况的发生。同时在设备选型时，应结合各库区分区控制方式进行精确计算，以保证冷负荷与制冷量相匹配，实现能耗的合理配置，杜绝库区一开全开、一关全关的情况发生。
三是冷库建筑形式、保温材料等的选择。由于冷库是个全密闭的环境，所以冷库的外墙、地面、屋顶、门等部分的保温设计的好坏，将直接影响后期的保温效果以及运营费用，因此冷库保温材料的选用必须因地制宜，既要有良好的隔热性能，又要经济实用。